Ultrafiltrační technologii lze použít pro separaci a čištění léčiv, odstranění pyrogenů a sterilizaci, zejména při separaci a extrakci antibiotik a vitamínů. Někteří vědci navrhli metodu ultrafiltrace/extrakce, která zásadně řeší problém emulgace při extrakci antibiotiky, zlepšuje výtěžek extrakce a kvalitu produktu.
V současné době se k odstranění pyrogenů při přípravě injekcí ginsenosidu běžně používá adsorpce aktivního uhlí. Tento způsob má nevýhody, jako je značná ztráta celkových saponinů a vysoké výrobní náklady. Ultrafiltrace na druhou stranu účinně odstraňuje pyrogeny při přípravě injekcí ginsenosidu a zároveň snižuje ztráty celkových ginsenosidů. Je to jednoduché, spolehlivé a efektivní. Ultrafiltrační technologie byla také použita k odstranění bakteriálních endotoxinů generovaných během výroby vakcíny proti vzteklině, což má za následek menší ztráty antigenu a obohacení vzorku, čímž jsou splněny požadavky na výrobu vakcíny.